სასარგებლო წიაღისეულის მართვის დეპარატამენტის ფუნქციები:

• წიაღის სახელმწიფო ფონდის მართვის ინფორმაციული და ორგანიზაციული უზრუნველყოფა; 

• სასარგებლო წიაღისეულის საბადოებისა და გამოვლინებების პასპორტიზაცია;

• გეოლოგიურ აგეგმვითი და ძებნა-ძიებითი სამუშაოების ჩატარება;

• სასარგებლო წიაღისეულით სარგებლობისათვის სალიცენზიოდ წინასწარ შერჩეულ ობიექტებზე საინჟინრო-გეოლოგიური და ჰიდროგეოლოგიური შეფასებითი სამუშაოების ჩატარება და შესაბამისი გეოსაინფორმაციო პაკეტების მომზადება.

ლიცენზირების დეპარტამენტის ფუნქციები:

• მიწისქვეშა სივრცის გამოყენებისა და სასარგებლო წიაღისეულით (გარდა ნავთობისა და გაზისა) სარგებლობისათვის „ლიცენზიებისა და ნებართვების შესახებ“ საქართველოს კანონით განსაზღვრული ლიცენზიების გაცემა და ამ მიზნით გასაწევი საქმიანობის კოორდინაცია;

• ლიცენზიების გაცემისათვის აუცილებელი დოკუმენტების მიღება, აღრიცხვა, დამუშავება და ამ დოკუმენტების სააგენტოს სტრუქტურულ ქვედანაყოფებსა და შესაბამის უფლებამოსილ ორგანოებში გაგზავნა/შეთანხმების პროცედურების გახორციელება; 

• აუქციონის გამოცხადების, ლიცენზიის გაცემის, კანონმდებლობით განსაზღვრულ შემთხვევაში მასში ცვლილებების შეტანის, გაუქმებისა და მოქმედების ვადის გაგრძელებისათვის შესაბამისი დოკუმენტაციის მომზადება;

• უწყებრივი სალიცენზიო რეესტრის წარმოება. 

სალიცენზიო პირობების კონტროლის სამსახურის ფუნქციები: 

• წიაღით სარგებლობის სფეროში სახელმწიფო კონტროლი;

• წიაღით სარგებლობისას გარემოსთვის მიყენებული ზიანის განსაზღვრა;

• სალიცენზიო პირობების დარღვევის აღმოჩენის პირობებში, სამართალდარღვევის გამოვლენისას კანონმდებლობით დადგენილი წესით ადმინისტრაციული სამართალდარღვევის შესახებ ოქმების შედგენა. 

საერთაშორისო ურთიერთობებისა და პროექტების მართვის სამსახურის ფუნქციები:

• წიაღის მდგრადი მართვის სფეროში საქართველოს საერთაშორისო ხელშეკრულებებით განსაზღვრული ვალდებულებების შესრულების ორგანიზება და კოორდინაცია; 

• წიაღის მდგრადი მართვის ეფექტიანი სისტემის ჩამოყალიბებისათვის წინადადებების შემუშავება;

• დონორ ორგანიზაციებთან მოლაპარაკებების პროცესის კოორდინაცია;

• წიაღის მდგრადი მართვის საკითხებზე საერთაშორისო საუკეთესო პრაქტიკის შესწავლა და კანონმდებლობის სრულყოფის შემდგომი მიზნებისთვის შესაბამისი წინადადებების შემუშავება. 

ადმინისტრაციული სამსახურის ფუნქციები: 

• სააგენტოს სრული ორგანიზაციულ უზრუნველყოფა. 

• სააგენტოს ელექტრონული დოკუმენტბრუნვის ორგანიზება და საერთო კოორდინაცია, კორესპონდენციის რეგისტრაცია, ერთიანი საქმისწარმოების ორგანიზება, საარქივო საქმიანობის წარმოება; 

• ადამიანური რესურსების მართვის სისტემების მართვა, ამ მიზნით სააგენტოში მიმდინარე კონკურსების ორგანიზება;

• სააგენტოს თანამშრომელთა დანიშვნის, გათავისუფლების, დისციპლინური პასუხისმგებლობისა და წახალისების, შრომითი ურთიერთობის შეჩერებისა და მივლინების შესახებ სააგენტოს უფროსის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტების პროექტების მომზადება;

იურიდიული სამსახურის ფუნქციები: 

• სააგენტოს ძირითადი საქმიანობის მარეგულირებელი კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტებისა და სააგენტოს უფროსის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტების პროექტების, საპროცესო დოკუმენტაციის მომზადება;

• შესაბამისი მინდობილობის (რწმუნებულების) საფუძველზე სასამართლოებში სააგენტოს წარმომადგენლობის უზრუნველყოფა სახელმწიფო დაწესებულებებსა, სხვა ფიზიკურ და იურიდიულ პირებთან ურთიერთობებში;

შიდა კონტროლის სამსახურის ფუნქციები: 

• სააგენტოს თანამშრომელთა მხრიდან შინაგანაწესისა და შრომის დისციპლინის დაცვის კონტროლი;

• სააგენტოს თანამშრომელთა მიერ სამსახურებრივი გადაცდომის ან/და მიზნებთან შეუსაბამო ქმედების გამოვლენის მიზნით შემოწმების ჩატარება, შესაბამისი დასკვნის მომზადება და სააგენტოს უფროსისთვის წარდგენა;

• სააგენტოს თანამშრომელთა დისციპლინური პასუხისმგებლობის შეფარდების თაობაზე რეკომენდაციის მომზადება და სააგენტოს უფროსისთვის წარდგენა;